CCNP ENCOR(350-401)のシミュレーション問題でIPv6の問題が出題される可能性は十分にあります。

確かに、ネット上ではOSPF、BGP、GRE、IPsec、VRE、STP、LAG、FHRPなどが頻出するトピックとして挙げられています。しかし、CCNP ENCORの試験範囲にはIPv6も含まれており、試験の目的はエンタープライズネットワークのコア技術に関する知識とスキルを評価することです。現代のエンタープライズネットワークにおいて、IPv6は重要な技術の一つであり、出題されても不思議ではありません。

CCNAの受験経験からIPv6のIP設定が出題傾向にあったとのことですので、ENCORでもIPv6関連の設定やトラブルシューティングが出題される可能性を考慮しておくべきでしょう。

したがって、ご提示の各プロトコルについて、IPv4だけでなくIPv6のコマンドや設定についても練習しておくことを強く推奨します。例えば、以下のような観点で学習を進めると良いでしょう。

OSPFv3: IPv6のアドバタイズメント、ネイバー関係の確立、エリア設定など
BGP: IPv6ピアの設定、アドレスファミリーの設定、ルートアドバタイズメントなど
GRE over IPv6: IPv6アドレスを使用したGREトンネルの設定
IPsec over IPv6: IPv6トラフィックを保護するためのIPsecの設定
FHRP (VRRPv3, HSRPv6, GLBPv6): IPv6環境での冗長化設定
これらのプロトコルにおけるIPv6のコマンドや概念を理解しておくことで、もし試験でIPv6関連のシミュレーション問題が出題された場合でも、落ち着いて対応できるはずです。

試験対策としては、IPv4だけでなくIPv6にも焦点を当てた学習をバランス良く行うことが重要です。頑張ってください。