設問のポイントってここですよね？

同社は、この構成における単一障害点をなくし、可用性を高めたいと考えている

単一障害点をなくすということは、現在単一障害点があるということになりますので、それがどこかが分かればすぐかと思います。

今の構成って

• 開発と本番のVPCはVPCピアリングされている→AWSの内部で冗長化ずみ
• 開発用VPCとオンプレミスDCはSite-to-Site VPN接続している。DC側には「単一の」カスタマーゲートウェイがある→DC側にシングルポイントがある
• 本番用VPCとオンプレミスDCは複数のAWS Direct Connect構成で通信している→Direct Connectの冗長化ずみ

この時点で単一障害点になりうるのは「開発用VPCとオンプレミスDC」です。それを踏まえて

・開発用VPCのSite-to-Site VPNのVPNトンネルを複数設定し、VPN接続の冗長性を確保する
と
・オンプレミスのデータセンターに新たにカスタマーゲートウェイを追加し、Site-to-site VPN接続の冗長性を確保する

前者は「VPNトンネル」を複数設定していますが、そもそも「トンネル」は論理的な接続のことです。論理的なパスを複数作成してもオンプレミス側のカスタマーゲートウェイの数は増えません（論理的なIPsec接続設定を増やすだけです）ので、単一障害点は変わりません。
※参考： https://www.cisco.com/c/ja_jp/support/docs/smb/routers/cisco-rv-series-small-business-routers/Configure-AWS-S2S.pdf

後者は「カスタマーゲートウェイ」という物理的な装置を増やしていますので、現状の「単一のカスタマーゲートウェイ」という単一障害点をなくせる構成変更です。参考の「○AWS Site-to-Site VPNの高可用性の実現」に記述がありますね。

こうしてみてみると、それぞれの選択肢の意味って違うものかと思いますが、どうでしょうか？