「WHEN MATCHED THEN」と「WHEN NOT MATCHED THEN」の順序は入れ替えても、MERGE文としてはエラーにはなりません。
ご提示のケースでもエラーにはならず、実行後は同様の結果となりました。

SQL> select * from cust_source;

    ID NAME	  A EMAIL		 BIRTH_DAY
------ ---------- - -------------------- -----------
     1 scott	  Y scott@xx.com	 66-06-03
     2 allen	  N al@yy.com		 82-04-18
     3 john	  Y John@zz.com 	 73-12-30
     4 king	  Y king@zz.com 	 91-01-15

SQL> select * from cust_copy;

    ID NAME	  A
------ ---------- -
     1 SCOTT	  Y
     2 ALLEN	  Y
     3 TBD
     
SQL> MERGE INTO cust_copy c USING (SELECT id, UPPER(name) name, active FROM cust_source) p ON (c.id=p.id)
	WHEN NOT MATCHED THEN
		INSERT VALUES (p.id, p.name, p.active)
	WHEN MATCHED THEN
		UPDATE SET c.name=p.name, c.active=p.active;

4行がマージされました。

SQL> select * from cust_copy;

    ID NAME	  A
------ ---------- -
     1 SCOTT	  Y
     2 ALLEN	  N
     3 JOHN	  Y
     4 KING	  Y

SQL>

ただし、処理順序（条件を評価する順序）は変わると思うので、実運用においてはデータの内容によっては結果が異なる可能性はあります。
また、パフォーマンスにも違いが出てくる可能性はあると思います。（そのような場合には実行計画の取得などして、チューニングしていくことになると思います。）