CDP(Cisco Discovery Protocol) はその名の通り「隣接しているCiscoデバイスの情報を確認」するためのシスコ独自のプロトコルです。
対してLLDP(Link-Layer Discovery Protocol) は IEEE 802.1AB で規定された「標準」プロトコルであり、シスコ以外のベンダーも実装して利用しています。

使い分けたいかどうかは環境によると思います。全部シスコ製品だから CDP 使う、でもいいですし、シスコも含むマルチベンダーで構成しているから LLDP を使う、とか。オールシスコだけど標準準拠でいきたいから LLDP ってのもありですね。