それぞれのSwitchに設定されているネイティブVLAN宛に転送すると理解したのですが、

少し理解がずれてる気がします。

ネイティブVLANとは、トランクリンクにおいて、 例外的にタグを付与しないVLAN のことです。
例えば、SwitchAではネイティブVLANはVLAN20なので、PC2（VLAN20）が送信するフレームにはタグを付与しない、という話です。
その他のVLAN（VLAN10、30）が送信するフレームには、タグを付与します。

その場合
PC-3から送られた送信されたパケットは
Switch-Bによって、VLAN10に転送される理解のため、PC-3とPC-6は通信できないと考えました。

PC-3から送信されたフレームは
①SwitchA：VLAN30のタグを付与してSwitchBに転送する
②SwitchB：VLAN30のタグが付いたフレームを受け取ったので、VLAN30（PC6）に転送する
という、通常通りの処理が行われるだけで、ネイティブVLAN設定による動作への影響はありません。

また、解説に
VLAN30はネイティブVLANに指定されていないので、影響がないとありますが、理解ができておらずご教授ください。

前述の通りです。