黒本ですよね。読みましたがたぶんどちらも間違ってないと思います。

/etc/cloud/cloud.cfg.d/ はインスタンスの 起動時に使用する ユーザーデータ、
/var/lib/cloud/ はインスタンスに 実際に使用した ユーザーデータ（やインスタンスの情報など）が配置される場所です。
ちゃんとユーザーデータを設定したのになんか正しく動いてないな？？ という時に
/var/lib/cloud/ にある実際に読み込まれたユーザーデータを見たり、ログを見るとかして調査するわけです。

黒本は「ユーザデータ～略～などは /var/lib/cloud ディレクトリに保存されます。」とあるので
インスタンスを起動する際に使用したユーザーデータを指していると思われます。

このあたりが参考になるかもしれません。

https://docs.redhat.com/ja/documentation/red_hat_enterprise_linux/10/html/configuring_and_managing_cloud-init_for_rhel/files-and-directories-significant-for-cloud-init

/etc/cloud/cloud.cfg.d
cloud.cfg.d ディレクトリーでは、cloud-init の追加ディレクティブを追加できます。
/var/lib/cloud
cloud-init を実行すると、/var/lib/cloud の下にディレクトリーレイアウトが作成されます。このレイアウトには、インスタンス設定の詳細情報を提供するディレクトリーとファイルが含まれます。

https://docs.redhat.com/ja/documentation/red_hat_enterprise_linux/9/html/configuring_and_managing_cloud-init_for_rhel_9/the-cloud-cfg-d-directory_red-hat-support-for-cloud-init

cloud-init は、ユーザーが提供および設定するディレクティブに対応します。通常、これらのディレクティブは cloud.cfg.d ディレクトリーに含まれています。