以下のように「router eigrp 100」と「router eigrp 1」で異なる番号を使用しても、アドレスファミリで指定するAS番号を100として一致させていれば、VRFでAS100のEIGRPネイバを確立できました。

物理構成：
[RA]Gi0/0(10.1.1.1)------------Gi0/0(10.1.1.2)[RB]

RAの設定：

RA#sh run | s eigrp
router eigrp 100
 !
 address-family ipv4 vrf VRF-A autonomous-system 100
  network 10.1.1.0 0.0.0.255
 exit-address-family
RA#
RA#sh ip eigrp neighbors
EIGRP-IPv4 Neighbors for AS(100)
% No usable Router-ID found
RA#
RA#sh ip eigrp vrf VRF-A 100 neighbors
EIGRP-IPv4 Neighbors for AS(100) VRF(VRF-A)
H   Address                 Interface              Hold Uptime   SRTT   RTO  Q  Seq
                                                   (sec)         (ms)       Cnt Num
0   10.1.1.2                Gi0/0                    10 00:01:52    7   100  0  1
RA#

RBの設定：

RB#sh run | s eigrp
router eigrp 1
 !
 address-family ipv4 vrf VRF-A autonomous-system 100
  network 10.1.1.0 0.0.0.255
 exit-address-family
RB#
RB#sh ip eigrp neighbors
EIGRP-IPv4 Neighbors for AS(1)
% No usable Router-ID found
RB#
RB#sh ip eigrp vrf VRF-A 100 neighbors
EIGRP-IPv4 Neighbors for AS(100) VRF(VRF-A)
H   Address                 Interface              Hold Uptime   SRTT   RTO  Q  Seq
                                                   (sec)         (ms)       Cnt Num
0   10.1.1.1                Gi0/0                    11 00:01:32    5   100  0  3
RB#
RB#

VRFの場合というか、アドレスファミリを使う場合は「router eigrp」で指定する番号はネイバ同士で必要なAS番号という意味を持たず、ルータ内でプロセスを識別するものとして認識されるということになると思います。
これは数字を入力したとしても名前付きモードでEIGRPを設定する場合のインスタンス名と同じ意味を持つことになるのだと思います。
(config)#router eigrp ｛インスタンス名｝

ただ、コマンドのヘルプで見ると「router eigrp」に続けて入力する番号は「Autonomous System」となっていますね...

RB(config)#router eigrp ?
  <1-65535>  Autonomous System
  WORD       EIGRP Virtual-Instance Name

RB(config)#router eigrp

だから「router eigrp {AS番号}」と書かれているのかも...?

staff_shiina　さん
tym78 さん

ありがとうございます！