シミュレーションの問題には既に事前に設定が済んでいる部分と、受験者が設定をしなければならない部分がありますが、
受験者がどの部分を設定しないといけないのかが曖昧で分かりづらかったです。

シミュレーション問題では、show系コマンドを使って自分がどの設定を行わなければいけないのか見極めることも大切になると思います。
show系のコマンドを使いこなせるようになっておけば、事前に設定されている箇所や自分が設定すべき箇所もわかりますし、設定コマンドを実行した後に正しく設定できているか確認することもできます。

文章の形式も、○○の機器に△△の設定をして下さい。□□となるようにしてくだ。という形であれば何をすればいいかが分かりやすいのですが、
○○は△△です。という文章がざーっと並んでいるだけで読み終わった後に、で？と心の中で思ってしまいました。

「○○は△△です」という感じのものは、「○○が△△の状態で動作するように設定しなさい」という感じで捉えると良いと思います。
1つのタスクに1つの設定コマンドを入れればよいというものではない感じで、最終的にプロセスが正常に動作していたり、疎通がとれていたりという状態にもっていく必要があるんだと思います。

また、シミュレーション問題の中にBGPとVRFを使用した問題があったのですが、その問題が特に意味が分かりませんでした。
解説されているサイトや問題集をご存知であれば教えて頂きたいです。

他のサイトの情報はわからないのですが、Ping-tのコマ問で設定コマンドに関する問題もshow系コマンドも出題されていたので、役に立つのではないかと思います。

私のわかる範囲での回答ですが、お役に立てれば幸いです。