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AWSの推奨としては、コンテナオーケストレーションを利用する場合はECSです。
マネージドサービスとまではいかないにしても、管理が簡単になっており、Fargateなどの他サービスとの親和性も高いです。
例外は現在Kubernetesで運用している場合です。解説にもある通り、EKSだと既存のツールや知識を活用できるためです。

実際はKubernetesの方が有識者が多く、OpenshiftなどのPaasを利用できる点でEKSの方が推奨されるべきかと思いますが。。。