・それは文字通りsmb.confの設定が 「= yes」 に自動的に上書きされるという意味でしょうか。
　それとも、記述は「= auto」のままで、動作がyesの動作に変わるという意味でしょうか

設定ファイルそのものがシステムやサービスによって勝手に書き換えられることは通常はあまりない挙動かと思います。
ここでいうのは内部的な動作として「domain master=auto（可変）」のパラメータの意味が domain logons=yes によって「yes（有効）」になるということかと。

・自動的にyesに変わるのは、もともと「= auto」に設定していた場合に限った挙動でしょうか。
　それとも、「= no」と設定している場合でも「= yes」に変わるのでしょうか

auto（可変）に設定していた場合の挙動ですね。「no」であれば設定した通り「no（無効）」のままです。